세무조사 시기 선택제 시행
법인이 꼭 알아야 할 변경사항
60년 만의 패러다임 전환, 정기세무조사 시기를 납세자가 직접 고른다
국세청이 1966년 개청 이래 60년 가까이 유지해 온 정기세무조사 운영방식을 전면 개편한다. 정부 출범 1주년을 계기로 발표된 「기업하기 좋은 세무환경 조성」 방안의 핵심은 정기세무조사 시기 선택제다. 그동안 과세관청이 일방적으로 통지하던 조사 시점을 납세자가 직접 선택할 수 있도록 바꿔, 기업의 예측 가능성과 경영 안정성을 높이겠다는 취지다.
법인 입장에서는 결산·자금조달·해외출장 등 주요 경영 일정과 세무조사를 분리할 수 있는 길이 열리는 만큼, 제도의 근거 법령과 신청 절차, 그리고 적용 제외 사유를 정확히 이해해 두는 것이 중요하다.
1. 제도 개요와 시행 근거
정기세무조사 시기 선택제는 「국세기본법」 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정)에 따른 정기선정 조사 대상 법인에 대해, 조사 개시 시기를 납세자가 일정 범위에서 선택할 수 있도록 하는 제도다. 「국세기본법」 제81조의7(세무조사의 사전통지와 연기신청)상의 조사 연기신청 제도와는 별개로, 사전 단계에서 시기를 능동적으로 정한다는 점이 핵심이다.
② 선택 가능 기간: 통상 해당 사업연도 내 분기 단위로 조사 개시 시점 선택
③ 예측가능성 보장: 선택된 시기는 특별한 사유가 없는 한 변경되지 않음
2025년 정기세무조사 대상 선정분부터 단계적 시행
2. 기존 방식과 무엇이 달라지나
• 조사 개시 20일 전 사전통지(국세기본법 제81조의7)
• 연기신청은 천재지변·질병 등 제한적 사유만 인정
• 결산·자금조달기와 겹쳐도 대응 곤란
• 분기 단위로 조사 개시 시점 선택
• 선택된 시기는 원칙적으로 보장
• 경영 일정과의 충돌 사전 회피
3. 시기 선택 신청 절차
국세청이 정기선정(국세기본법 제81조의6 제2항)에 따라 대상 법인에 시기 선택 안내문 발송
안내문 수령 후 정해진 회신기한(통상 2주 이내) 내 희망 분기를 선택해 관할 세무서에 제출
국세청 내부 일정·인력 배치를 고려해 확정 시점을 회신. 원칙적으로 납세자가 선택한 분기 내에서 조사 개시
기존 「국세기본법」 제81조의7 제1항에 따른 사전통지 절차는 그대로 유지
4. 적용 제외 대상
시기 선택제는 모든 법인이 무조건 활용할 수 있는 것은 아니다. 「국세기본법」 제81조의6 제3항에 따른 수시선정 조사 대상이나, 조세포탈 혐의·자료 은닉 등 성실성에 중대한 의문이 있는 경우에는 제외된다.
탈루 혐의 자료, 신고 내용의 불성실 정황이 명백한 경우
「조세범 처벌법」상 포탈·허위세금계산서 등 혐의 법인
역외탈세·자료은닉 등 신속한 착수가 필요한 사안
직전 조사에서 중대한 탈루가 확인된 법인 등
5. 조사 연기신청과의 차이
| 구분 | 시기 선택제 | 조사 연기신청 |
|---|---|---|
| 근거 | 정기선정 운영지침 | 국세기본법 제81조의7 제2항 |
| 시점 | 조사 대상 선정 단계(사전) | 사전통지 수령 후 |
| 사유 | 경영 일정 등 폭넓게 인정 | 천재지변·화재·질병 등 제한적 |
| 효과 | 희망 분기에 조사 개시 | 최대 일정 기간 연기 |
요약하면, 시기 선택제는 “조사를 언제 받을지 미리 정하는 제도”이고, 연기신청은 “통지된 조사를 일시적으로 미루는 제도”다. 두 제도는 병행 활용이 가능하다.
6. 법인이 챙겨야 할 실무 포인트
• 부가가치세 확정신고(1월·7월) 직후 자료정리 가능 시점 활용
• IPO·M&A·대규모 자금조달 일정과의 분리
• 핵심 실무 인력의 휴직·이직 가능성 검토
7. Q&A
정기세무조사 시기 선택제는 단순한 행정 편의 개선을 넘어, 세무행정의 무게중심을 “통보받는 납세자”에서 “선택하는 납세자”로 옮기는 의미 있는 변화다. 다만 안내문 회신기한을 놓치면 종전 방식대로 처리되므로, 정기조사 가능성이 있는 법인이라면 사전에 결산·자금 일정과 조사 가능 시기를 정리해 두는 것이 좋다. 새솔세무회계는 정기·수시조사 대응부터 시기 선택 신청 검토까지 단계별 자문을 제공하고 있다.