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연말정산 실수, 5월 종합소득세로 가산세 없이 정정하는 방법

2026. 05. 23  ·  새솔세무회계

綜合所得
종합소득세

연말정산 실수, 5월 종합소득세로
가산세 없이 정정하는 방법

2025.5.1.~6.2. 신고기간 내 정정하면 무신고·과소신고 가산세가 부과되지 않습니다.

매년 2월 연말정산이 끝나고 나면, 뒤늦게 영수증을 발견하거나 부양가족 공제를 잘못 받았다는 사실을 깨닫는 근로자가 적지 않습니다. 다행히 우리 세법은 이러한 오류를 자연스럽게 바로잡을 수 있는 기회를 한 번 더 제공합니다. 바로 매년 5월에 진행되는 종합소득세 확정신고입니다.

2025년 종합소득세 신고기간은 5월 1일부터 6월 2일까지(5월 31일이 토요일이므로 6월 2일 월요일로 연장)이며, 이 기간 내에 연말정산 내용을 다시 정리해 신고하면 무신고가산세·과소신고가산세 등 별도의 불이익 없이 정정이 가능합니다. 특히 올해 국세청은 부양가족 중복공제 등 오류가 의심되는 근로자에게 카카오톡·네이버 전자문서로 개별 안내를 최초로 실시하고 있어, 본인이 대상인지 반드시 확인할 필요가 있습니다.

📅

2024년 귀속 종합소득세 신고·납부 기한
2025년 5월 1일 ~ 6월 2일

1. 5월 정정신고의 법적 근거

근로소득자는 원칙적으로 회사의 연말정산으로 납세의무가 종결됩니다(소득세법 제137조). 그러나 소득세법 제70조 제1항은 종합소득이 있는 거주자는 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득 과세표준 확정신고를 할 수 있도록 규정하고 있어, 연말정산에서 누락하거나 잘못 적용한 공제 항목을 이 기간에 다시 반영할 수 있습니다.

법정신고기한 내에 자진 신고·납부하는 경우에는 국세기본법 제47조의2(무신고가산세)·제47조의3(과소신고가산세)이 적용되지 않으므로, 추가로 세금을 납부하게 되더라도 가산세 부담이 없습니다. 반대로 6월 2일이 지난 뒤 잘못이 발견되면 경정청구(국세기본법 제45조의2) 또는 수정신고(국세기본법 제45조)를 거쳐야 하며, 수정신고의 경우 과소신고가산세가 발생합니다.

정정 방법의 갈림길
① 신고기한 내(~6.2) → 종합소득세 확정신고로 정정, 가산세 없음
② 더 환급받을 것이 있을 때 → 5년 내 경정청구 가능
③ 더 내야 할 세금이 있는데 기한 도과 → 수정신고, 가산세 부과(자진 시 일부 감면)

2. 5월에 꼭 확인해야 할 4가지 유형

공제 누락
월세, 기부금, 의료비, 안경·콘택트렌즈, 보청기 등을 빠뜨린 경우

과다공제
소득금액 100만 원 초과 부양가족, 중복공제 등을 받은 경우

부양가족 오류
형제자매·부모님을 두 명 이상이 동시에 올린 경우

복수 근무처
이직·겸직으로 2곳 이상에서 급여를 받은 경우

특히 두 번째 유형인 과다공제는 본인이 모르고 지나치기 쉽습니다. 부양가족의 연간 소득금액이 100만 원(근로소득만 있는 경우 총급여 500만 원)을 초과하면 기본공제 대상에서 제외되며(소득세법 제50조 제1항 제3호), 이 경우 해당 부양가족 명의의 보험료·의료비·교육비·신용카드 사용액 공제도 함께 소급 취소됩니다. 단순히 인적공제 150만 원만 빠지는 것이 아니라는 점을 유의해야 합니다.

3. 국세청 카카오톡·네이버 개별 안내 최초 시행

국세청은 2025년부터 부양가족 중복공제 등 오류 가능성이 높은 근로자에게 카카오톡·네이버 전자문서로 개별 안내문을 발송하기 시작했습니다. 종전에는 사후 검증 단계에서 가산세와 함께 추징되던 사례가, 이제는 5월 신고기간 중에 안내되어 가산세 없이 자진 정정할 수 있게 된 것입니다.

기존(2024년까지)
사후 검증으로 다음 해에 가산세 포함 추징 → 평균 수십만 원 추가 부담

2025년부터
5월 신고기간 중 카톡·네이버 사전 안내 → 가산세 없이 정정 가능

⚠️

국세청 안내문은 ‘국세청’ 명의의 카카오톡 알림톡 또는 네이버 전자문서로 발송됩니다. 외부 링크 클릭이나 송금을 요구하면 보이스피싱이므로, 반드시 홈택스(hometax.go.kr)에 직접 접속해 확인하시기 바랍니다.

4. 홈택스 정정신고 절차

1
원천징수영수증 확보

회사에서 받은 근로소득 원천징수영수증을 준비합니다. 2곳 이상 근무한 경우 모든 근무처에서 발급받아야 합니다(홈택스 → My홈택스 → 지급명세서 등 제출내역에서도 조회 가능).

2
홈택스 접속 후 신고 메뉴 진입

홈택스 로그인 → ‘세금신고’ → ‘종합소득세 신고’ → ‘근로소득자 신고서(모두채움/단순경비율)’ 또는 ‘일반 신고’ 선택

3
공제항목 수정

이미 채워진 연말정산 자료를 불러온 뒤, 누락된 공제(월세·기부금·의료비 등)는 추가하고, 잘못 적용한 공제(부양가족·중복공제 등)는 삭제합니다.

4
세액 확인 후 신고서 제출

추가 환급세액이 있으면 환급계좌를 입력하고, 추가 납부세액이 있으면 6월 2일까지 납부합니다. 납부 시 가산세는 부과되지 않습니다.

5. 2개 이상 회사에서 근무한 경우

이직하거나 동시에 두 곳 이상에서 급여를 받은 근로자는, 주된 근무지에서 종된 근무지의 근로소득을 합산해 연말정산을 하지 않았다면 반드시 5월에 합산 신고해야 합니다(소득세법 제137조의2). 합산 신고를 하지 않으면 누진세율 적용이 누락되어 사후에 가산세와 함께 추징될 수 있습니다.

구분 준비서류 유의사항
전 직장 근로소득 원천징수영수증 퇴사 시 발급, 미수령 시 홈택스 조회
현 직장 연말정산 원천징수영수증 2월 연말정산 결과 확인
겸직 각 근무처별 영수증 전부 합산해 5월 신고

자주 묻는 질문

Q. 부양가족 중복공제 안내를 받았는데 무시하면 어떻게 되나요?
A. 5월 정정신고를 하지 않으면 추후 사후 검증을 통해 본세에 더해 과소신고가산세(10%)와 납부지연가산세(연 8.03%)가 부과됩니다. 5월 내 자진 정정 시에는 본세만 납부하므로 가산세를 절약할 수 있습니다.

Q. 작년 연말정산에서 의료비를 빠뜨렸는데 지금이라도 환급받을 수 있나요?
A. 가능합니다. 5월 종합소득세 신고기간 내라면 확정신고로 추가 환급을, 기한이 지났다면 법정신고기한 경과 후 5년 이내에 경정청구(국세기본법 제45조의2)를 통해 환급받을 수 있습니다. 즉, 2024년 귀속분은 2030년 5월 31일까지 청구 가능합니다.

Q. 회사에 알리지 않고 5월에 정정신고해도 되나요?
A. 네, 종합소득세 확정신고는 본인이 직접 국세청에 하는 신고이므로 회사에 통보할 의무는 없습니다. 다만 신고 결과 추가 납부세액이 발생하면 본인이 직접 납부해야 하고, 환급세액이 발생하면 본인 계좌로 입금됩니다.

연말정산은 한 번에 모든 공제를 완벽하게 챙기기 어려운 절차입니다. 그렇기 때문에 세법이 5월 한 달간의 ‘두 번째 기회’를 마련해 둔 것이며, 이 기간을 활용하는 것은 권리이자 동시에 과다공제분에 대한 자진 시정 의무이기도 합니다. 특히 올해 카카오톡·네이버 안내문을 받으신 분이라면 반드시 6월 2일 전에 홈택스에서 신고 내용을 점검하시기 바랍니다. 복잡한 사례나 복수 소득이 얽혀 있는 경우에는 전문 세무대리인의 도움을 받으시는 것

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