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농어촌주택 취득자 양도소득세 과세특례

2025. 06. 17  ·  새솔세무회계

농어촌 주택에 대한 특례

농어촌주택과 고향주택의 요건은 다르다
고향주택의 요건은 한결 완화되어 있음
면적요건 전부폐지 but 취득시 기준시가 3억원이하 요건
취득시 도시계획내 농어촌주택은 불가(ex 주거지역,상업지역 등)

주의: 신고기한내 과세특례적용신청서 제출 필수
농어촌주택 취득자 양도소득세 과세특례 | 새솔세무회계
양도소득세 실무 | 조세특례제한법 제99조의4

농어촌주택 취득자에 대한
양도소득세 과세특례

농어촌·고향주택 보유 시 일반주택 1세대1주택 비과세 적용 요건 총정리

오늘 오신 손님이 상담 요청하셨던 내용은 이른바 농어촌주택 취득자가 양도하는 일반주택의 1세대1주택 비과세 적용 가능 여부였습니다. 함께 들고 오신 서면 자료들을 보니 인터넷 등 많은 정보를 찾아 보시고, 더욱이 국세청에 서면 상담을 통해 답변서도 갖고 계셨습니다. 아무튼 이 건 관련해서 많은 연구를 하신 분이셨습니다.

이 분이 발췌해 오신 자료들만 보더라도 원하시는 소기의 목적 달성에 큰 무리가 없어 보이긴 했는데.. 이 분이 정말로 원하시는 것은 100% 확실한 답변이었습니다. 즉, 되면 되고 안 되면 안 된다.. 하는 그런 딱 부러지는 결론이요.

입장 바꿔 보아도 그 심정은 이해가 가지만, 완벽한 답변으로서 100% 확실한 보장을 장담할 수는 없음을 말씀드리고 양해를 구했습니다. 단순히 전문가로서의 지식이 모자라거나 실력이 부족하다는 사유만으로는 책임지기 버거운 리스크가 항상 존재하기에 그렇습니다.

아무튼 손님이 가시고 난 후 관련 규정을 다시 한번 살펴 보았습니다.

📋 1. 개요
조세특례제한법 제99조의4 — 제도 핵심

1세대가 2003.8.1. ~ 2025.12.31.까지의 기간(농어촌주택 취득기간) 중 1개의 농어촌주택을 취득하여 3년 이상 보유하고, 해당 농어촌주택 취득 전에 보유하던 일반주택을 양도하는 경우에는, 일반주택의 1세대1주택 비과세 판정 시 해당 농어촌주택을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 취급합니다.

2009.1.1. 이후 양도분부터는 고향의 발전을 도모하기 위해 농어촌주택의 범위에 고향주택을 추가하였습니다.

고향주택이란 2009.1.1. ~ 2020.12.31. 기간 중에 취득한 고향에 소재한 주택으로서, 아래 표에 해당하는 비수도권 시(市) 지역에 소재(조정대상지역 및 관광단지 제외)하고 취득 당시 기준시가가 2억원 이하인 주택을 말합니다.

구분시 (26개)
충청북도제천시
충청남도계룡시, 공주시, 논산시, 보령시, 당진시, 서산시
강원도동해시, 삼척시, 속초시, 태백시
전라북도김제시, 남원시, 정읍시
전라남도광양시, 나주시
경상북도김천시, 문경시, 상주시, 안동시, 영주시, 영천시
경상남도밀양시, 사천시, 통영시
제주도서귀포시
📌 ‘고향’의 정의 — 다음 각호의 요건을 모두 충족한 시(市) 지역
가족관계등록부에 10년 이상 등재된 등록기준지
10년 이상 거주한 사실이 있는 지역

※ 이와 연접한 시 지역 및 위 요건을 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함합니다. 아울러 위 표에 따른 시 지역에 소재하면서 수도권 지역, 조정대상지역, 관광단지가 아니어야 합니다.

✅ 2. 과세특례 적용 요건
취득기간 및 보유기간
1세대가 2003.8.1. ~ 2025.12.31.까지의 기간(농어촌주택 취득기간) 중 1개의 농어촌주택을 취득하여 3년 이상 보유하고, 해당 농어촌주택 취득 전에 보유하던 일반주택을 양도하는 경우.
농어촌주택 소재지 요건 — 아래를 제외한 읍·면 지역
취득 당시 기회발전특구에 소재하거나 다음에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 읍·면 지역에 소재하는 주택일 것.
a. 수도권 지역, 광역시에 소속된 군 지역
단, 접경지역 중 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군, 강화군, 기타 재경부령이 정하는 지역은 특례 적용 가능
b. 국토해양부장관(시도지사)이 지정하는 도시지역 및 허가구역
충남 태안군, 전남 영암·해남군은 도시지역에서 제외 (‘23.1.1. 이후 양도분부터)
c. 주택법 제63조의2에 따른 조정대상지역
d. 문화관광체육부장관이 지정한 관광진흥법 제2조의 관광단지
면적 요건 현행 폐지
2021.1.1. 이후 양도분부터 대지면적(660㎡ 이내) 요건이 폐지되었고, 2017.1.1. 이후 양도분부터는 주택면적(단독주택 150㎡ 이내, 공동주택 전용면적 116㎡ 이내) 관련 규정이 폐지되었습니다. 현행 기준으로는 면적 제한이 없습니다.
기준시가 요건
주택 및 부수토지의 취득 당시 기준시가가 3억원 이하 (대통령령으로 정하는 한옥의 경우 4억원 이하)일 것.
단, 2009.1.1. 이후 취득분은 2억원 이하.
※ 일반주택 양도 당시 기준시가 1억원 이하 요건은 2007.12.31. 이전 양도분에만 해당(현행 미적용)
소재지 분리 요건
일반주택이 소재한 시·읍·면 지역(또는 이와 연접한 시·읍·면 지역)이 아닌 곳에서 농어촌주택을 취득할 것. 일반주택과 같은 생활권에 농어촌주택을 취득하는 경우에는 특례가 적용되지 않습니다.
📝 3. 과세특례 적용 신청

일반주택의 예정·확정 신고기한 내에 과세특례적용신고서를 제출하여야 합니다. 일반주택 및 농어촌주택의 토지·건축물대장을 함께 첨부합니다.

신청기한

일반주택 양도에 대한 예정신고 또는 확정신고 기한 내 신청

첨부서류

과세특례적용신고서 + 일반주택·농어촌주택의 토지대장·건축물대장

⚠ 4. 농어촌주택 보유요건 충족 전 일반주택을 먼저 양도한 경우
📌 일단 특례 적용 가능 → 이후 3년 미충족 시 소급 추징

이 경우에도 일단은 과세특례가 적용되어 일반주택이 비과세 가능합니다. 그러나 특례를 적용받은 이후 농어촌주택을 계속하여 보유하여 3년 이상 보유요건을 충족하지 못하게 되는 경우에는, 농어촌주택의 양도 연도의 과세표준 신고 시 일반주택 양도 시점에 납부했어야 할 세액을 신고·납부하여야 합니다.

✍ 세무사 한마디

이 규정은 일몰시한이 있는 한시적 특례 규정으로서, 소득세법이 아닌 조세특례제한법에 못박혀 있는 것으로 보아 정책 목적 상 제정된 규정으로 보입니다. 더욱이 기회발전특구 및 인구감소로 인한 지역소멸 위험 지역 등이 대거 포진되어 있는 것으로 보아 수도권 인구의 지역 유도 효과도 기대하고 있는 규정으로 추정됩니다. 이 규정을 보고 있자니 당장에 떠오르는 것이 거주이전을 위한 일시적 1세대2주택 중복보유 허용 규정인데, 이 조특법 상 규정에 따르자면 일시적 2주택 중복보유 허용기간에 신경 쓸 필요가 없어지니까요. 결국 법령에서 정하는 일정 요건을 갖춘 수도권 외 지역으로 이전할 경우에는 2주택 보유자라 하더라도 언제든 기존 주택을 팔기만 하면 1세대1주택 비과세 혜택을 주겠다는 것과 마찬가지입니다. 이렇든 저렇든 지방으로의 인구 유입 효과를 기대할 수 있겠다 싶었습니다.

뭐.. 개인적인 의견으로는 얼마나 많은 사람들이 이 규정의 혜택을 보고 지방으로의 인구유입 효과가 얼마만큼 발생할런지는 모르겠지만, 뜬금없는 이런 일몰 규정의 다수 제정은 가뜩이나 복잡하고 헷갈리기 쉬운 세법을 더욱 어렵게, 그야말로 지뢰밭으로 만드는 일이 아닐까 싶습니다. 개인적인 바람으로는 이제는 그만 좀 재산제세 관련 규정을 이리 바꾸고 저리 바꾸고 하면서 정책 추진의 도구로 삼지 않았으면 합니다. 그래도 세법이잖아요. 일관되고, 예측 가능하고 그래야 하는데.. “오잉? 이런 게 있었다고?” 또는 “몇 월 며칠까지라고?” 하며 헤매지 않아도 좋을 세법이었으면 좋겠다는 바람이 있습니다.

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